Este ninja, de gran fuerza, agilidad y tremendo poder, es uno de los indiscutibles protagonistas de la saga de ninjas de Sega Shinobi. Joe Musashi es un huérfano (bueno, depende de a qué juego juguemos, que en Shinobi para Nintendo 3DS controlamos a su padre) que fue adoptado por el jefe de un poderoso clan ninja, que le enseñó a ser uno de los mejores ninjas de su clan, por eso recibió como regalo una poderosa katana que se ha pasado de generación en generación.